Jack era hijo de Christian Shephard y Margo Shephard, nació el 23 de mayo de 1967. Era hermanastro por parte de padre de Claire Littleton. Jack asistió a la Universidad de Columbia y fue el primero y mas joven de su promoción.
Comenzo a trabajar en el Hospital St. Sebatian, en el mismo área que su padre. Jack nunca tuvo el apoyo de su padre, pero se llevo el gran consejo de contar hasta cinco cuando entrara en pánico. En 2001 Jack opero a su futura esposa Sarah, prometiéndole que la curaría. Así fue, la curo y acabo casándose con ella en 2003.
La compulsiva obsesión de Jack de arreglar las cosas acabo con el matrimonio a finales de 2003. Tras la ruptura, Jack viajo a Tailandia en busca de relax, alli conoció a una misteriosa mujer llamada Achara que tatuaba el destino de las personas y le hizo su famoso tatuaje que significa: "Está entre nosotros pero no es uno de nosotros".
En Julio de 2004 el padre de Jack opero a una mujer estando borracho, este ya acarreaba un largo historial con la bebida. La operación casi sale mal, de nos ser por Jack, este acabo traicionado a su padre ante el comité medico, debido a su adicción.
A mediados del 2004 Jack viaja a Sidney en busca de su padre, allí encuentra su cadáver y descubre que ha muerto de un paro cardiaco por autointoxicación etílica.
Aquí empieza la aventura de Jack, de regreso a Los Angeles en el vuelo 815, el vuelo que cambiara su vida y que lograra redimirle y convertirlo en un hombre de fe.
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